La Fundación Rei Afonso Henriques tiene como objetivos: Potenciar la cooperación entre España y Portugal en materia de desarrollo transfronterizo e institucional; canalizar iniciativas de promoción social económica y cultural de la cuenca del Duero hispano-portuguesa; estimular encuentros e intercambios entre personas e instituciones públicas y privadas en el orden docente investigador económico y cultural de España y Portugal; y colaborar con instituciones públicas y privadas, portuguesas, españolas y de la Unión europea, para la promoción y gestión de programas que favorezcan la cooperación entre España y Portugal, la cuenca del Duero y las regiones transfronterizas.