EL GIT es un proyecto aprobado por el Programa Operativo de Cooperación Transfronteriza España-Portugal (POCTEP) y financiado por la UE a través del FEDER. Se estructura en tres núcleos, uno en Mérida, dependiente de la Junta de Extremadura, y los otros dos en Évora y Coímbra, tutelados, respectivamente, por las Comisiones de Coordinación y Desarrollo Regional de Alentejo y Centro. Las tres oficinas cuentan con presupuesto y personal propio y trabajan de modo coordinado para la consecución de sus fines.
